Jiraiya, O Incrível Ninja conta a história de Toha Yamaji, um jovem ninja adotado por Tetsuzan, líder do clã Togakure. Tetsuzan o treina para ser seu sucessor. Toha se transforma em Jiraiya e assume a missão de proteger o Pako. Esse artefato sagrado é uma dádiva celeste e representa o tesouro do século. Ninjas de várias partes do mundo querem roubar o Pako para usá-lo para o mal. Jiraiya enfrenta vários desafios. Ele precisa derrotar mestres ninjas e superar armadilhas perigosas. Sua missão é impedir que o Pako caia nas mãos erradas e manter viva a honra do clã Togakure.