Há dez anos, exploradores encontraram um artefato misterioso em Marte. Eles o batizaram de "Caixa de Pandora" e o trouxeram para a Terra, onde ele causou uma transformação drástica. Quando o ativaram, ele ergueu barreiras que dividiram o Japão em três regiões: Seito, Hokuto e Touto. Além disso, liberou formas de vida hostis e desconhecidas chamadas Smash. Hoje, Sento Kiriyu, um físico brilhante que perdeu a memória, tenta entender os efeitos da Caixa. Após sua captura pelo inimigo conhecido como NightRogue, ele passou a colaborar com o governo de Touto para investigar o fenômeno.