Dois anos se passaram desde o fim do caso da Forma de Vida Não Identificada. Agora, uma série de assassinatos misteriosos assombra a cidade. Os crimes parecem impossíveis e envolvem seres desconhecidos. Shouichi Tsugami vive sem lembranças do seu passado. Ele não sabe quem era, de onde veio ou como chegou à situação atual. Algo dentro dele desperta quando os seres aparecem. Nesses momentos, ele se transforma em um super-humano poderoso: o Kamen Rider Agito. A polícia chama essas criaturas de "Desconhecidos". A cada novo ataque, o elo entre Shouichi e esses seres se torna mais evidente.